吞并哈萨克之后，往南一直到阿富汗和波斯边境，分布着三个汗国，最大的浩罕汗国、布哈拉汗国和希瓦汗国，这些汗国其实就是后世中亚一些以斯坦命名的国家故地，都是突厥化的中亚民族，信仰回教，中国史称回部诸部。
克里米亚战争之后，沙俄无力跟英法在地中海方向争夺，再次将扩张的方向转向南方，挤压草原民族的生存空间。1859～1863年间，沙俄在锡尔河流域和楚河流域一带进行频繁的军事行动，攻占和破坏浩罕边境的堡垒，将第一个侵略的目标对准了最强大的浩罕汗国。
沙皇亚历山大二世公然宣称“一旦我们的旗帜插到哪里，就绝不让其再降下来！”
1863年年底，亚历山大二世命令联接东西碉堡线深入中亚。1864年夏，切尔尼亚耶夫上校率领2500人攻占奥列·阿塔要塞。维列夫金上校率领1200人攻占中亚回教圣城土耳其斯坦。7月底，沙皇政府决定建立“新浩罕线”，该线由楚河到锡尔河的阳尼·库尔干的全部堡垒组成。
切尔尼亚耶夫攻陷商业重镇奇姆肯特，实现了锡尔河碉堡线和西伯利亚碉堡线的联接，为了打消英国等西方国家的担忧，俄国外交大臣亚历山大·戈尔什科夫公爵宣称奇姆肯特是俄军向南推进的地理极限，但不到半年时间，俄军再次发动进攻，并且攻克中亚第一大城市塔什干。
1868年5月，俄国趁着布哈拉汗国与浩罕汗国之间攻伐不断的时机，俄国派3500人占领了布哈拉汗国的重镇撒马尔罕和卡塔-库尔干。1868年6月，在卡塔－库尔干与布哈拉汗国主力决战，击败了人数比自己多十倍的布哈拉军队，布哈拉汗国投降。承认霍占特、乌拉·丘别和吉扎克并入俄国，割让撒马尔罕和卡塔-库尔干，赔款50万卢布。布哈拉沦为俄国附庸。
然后是希瓦汗国。
1873年2月沙俄从占领中亚城市土耳其斯坦、克拉斯诺沃斯克、曼格什拉克、奥伦堡分四路对希瓦发动强大攻势，6月占领希瓦城，对附近居民进行了种族屠杀。之后签订俄希和约，希瓦汗国割让阿姆河右岸的全部土地，赔款220万卢布，希瓦汗国汗王成为“全俄皇帝的卑顺奴仆”。
希瓦汗国灭亡。
1875到1876年，浩罕爆发民族大起义，浩罕、纳曼干、安集延和马尔戈兰等地人民对沙俄侵略者发动圣战。沙俄军队对这次起义进行血腥镇压，俄军血洗了整个费尔干纳盆地，仅在安集延一地，斯科别列夫指挥俄军用大炮猛轰，安集延城基本被轰平，2万多起义者被埋葬在废墟下。1876年2月7日俄军占领了浩罕城，3月2日沙皇俄国正式宣布吞并浩罕汗国，改为由斯科别列夫为高官的费尔干纳省。
浩罕汗国灭亡。
俄国完成了对中亚三大汗国的征服。
抛开感情因素，沙俄对中亚的征服，堪称人类历史上继蒙古人的政府活动之后，最为浩大的征服行动。而造成的地缘冲击，毫无疑问也会改变人类历史和地缘格局。
甚至中国西北的回乱就有俄国征服的冲击影响，正是俄国对浩罕汗国的不断打击，才让浩罕汗国的軍队进入了新疆，建立了洪福汗国。
也将沙俄跟英国争霸的方向，带向了印度洋，从此英国必须再次开辟一个围堵俄国的战略方向。
纵观俄国人的征服行为，方法无外乎三个，軍队开道，碉堡推进，教会驻扎，然后以碉堡为据点移民，镇压、屠杀、同化草原民族，16、17世纪征服的喀山汗国已经完全同化，而在中亚地区的同化才刚刚开始。
历史上，到苏俄解体的时候，俄罗斯民族在哈萨克等中亚草原民族的土地上，已经占据了四成左右的人口比例。
跟历史上不一样的是，这一次俄国的軍队、碉堡线、教会和移民据点，深入了新疆。
新疆民族将跟直面沙俄征服的冲击波，他们能否在北极熊强烈的冲击之下，保全自己的民族和文化，保住自己的生存空间，很难确定。
因为毫无疑问新疆，已经成为沙俄下一轮征服的前线，和主要方向。因为沙俄向南扩张受到了英国的强烈阻截。
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