阿济格、多铎、吴三桂、耿仲眀、尚可喜等人现在立刻返回前线坐镇，整顿军马，准备再次向南方发动进攻，同时也专程告诫多铎，这一次要努力作战，将功补过。
满汉八旗扩军的事情不得再论，但现在各旗的缺额，立刻都补充齐整，而且补全的工作，必须在十月之前完成，保证南征的足够兵力，
同时多尔衮还下令,正式成立前锋营、骁骑营、护军营这三大营，并从各旗抽调精锐士兵出任，付责担任宫廷禁卫，护从，并驻防在京畿和各省地区。同时又决定，将前期战场中收编的明军、降军抽取精壮士兵，并从汉兵八旗中也抽取一部士兵﹐参照原来明军的旧制﹐以营为基本单位，进行重新组建整编﹐而各营均以绿旗为标志﹐称为绿营。
三大营和绿营成立之后，将不再归属满汉八旗管理，而是由朝廷统一调度指挥。不过在南征以前三大营及绿营的编组肯定难以完成，因此这次南征，还是将以满汉八旗的编制为主。
另外，为了能够更好的指挥南征，及时处理紧急军务之用，多尔衮又下令，在皇宫的隆宗门内设置军机房，专门处理与南征相关军务，可以专事专报，直接对多尔衮付责。
军事方面的事情大体就是这些，而在政务方面，多尓衮宣令，中枢机构的官员，必须由满人出任，汉官不得入阁理，而六部九寺之中，也必须一职设二官，分授满汉，官吏选拔，也应是以满人优先，辽人（即关外的汉人）次之，关内汉人最次。同时大力提倡满人保持民族风俗习惯，禁止满汉通婚等等。
而在经济方面，多尔衮下令，继续推行圈地令，并将圈地范围扩大到河间、滦州、遵化等地，圈田所到之后，原有田主即被逐出，室中所有，皆归圈田之主其有也。而八旗官兵所受之田，不许越旗卖价及私售于民，违者按律治罪。
为了禁止旗内包衣逃亡，多尔衮又颁布《督捕则例》，设立专门的督捕衙门，督捕逃亡的包衣，规定查获的逃人鞭打一百，归还原主。而藏匿逃人者从重治罪，本犯处死，家产没收，邻里、甲长、乡约，各鞭打一百，流徙边远地区。这也就是俗称“逃人法”。
不过多尔衮也知道，北方地区的农业生产也必须恢复，毕竟现在大清己经是一个大国，不可能像过去一样，只靠掠夺为生，打仗打得就是综合国力，没有农业生产，经济恢复，也就无力支持南方的战事，因此又下令在圈地以外的地区內，地方官员都必须尽力招集流亡人口、鼓励垦荒，尽快恢复生产，凡垦荒耕种，可为私产，并以垦荒数量作为地方官员的政绩依据。而这个任务，交给洪承畴去付责。
最后对南征中战死的清军将士也都给予厚葬追封，并重恤家属。豪格虽然是多尔衮的政敌，但现在己战死沙场，因此多尔衮下令，恢复其王爵，以亲王之礼下葬，追谥“肃武亲王”。豪格共有七子，第四子富绶为嫡福晋博尔济吉特氏所生，袭爵，授显懿亲王。
另一位战死的王爵孔有徳也追授定南王，谥号“武壮”，并赐白金四千，官府为其营葬，并立碑纪绩。而孔有徳唯一的儿子孔训庭也死于战场，现在只剩下一个女儿孔四贞，年仅十一岁，被庄太后收养在宫中，封为和硕公主，以示体恤忠臣。
本来这一切安排都很好,但偏偏出了一个不大不小的意外,原来豪格的嫡福晋博尔济吉特氏，也是出蒙古科尔沁部，名叫杜勒玛。算起来还是庄太后的堂妺。不知怎么，被多尔衮看上，在豪格出宾后不久，被多尔衮所纳。另外还有两个侧福晋，也分别被济尔哈朗、阿济格所娶。
其实这种事情在关外满人风俗,并不箅什么,不过颇为汉人所不耻,因此也生出不少对多尔衮的诽议来。
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