这时正逢乱世，军队的成员中除了社会无业人员之外，还有相当一部份是穷苦百姓，因为生存不下去了，不得不选择当兵，靠着一点微薄的军饷，免强度曰。虽然在军队里时间长了，也粘染上一些坏习惯，但这一部份人毕竟都是穷苦农民出身，与社会无业人员有相当大的不同。本身还是能吃苦耐劳，因此只要给他们一个良好的环境，改造起来并不算困难。
而在商家军里，正好就提供了这样环境，训练虽然艰苦，而且在正式成为商家军的士兵之前，没有军饷可拿，但毎天的饭食却能保证充足，绝对能管吃饱。同时，这些明军也发现，在商家军里，军官和士兵之间的关系都十融洽，完全不像别的军队那样，军官高高在上，可以肆意责打，辱骂士兵。即使是一些身份较高的军官，生活也比较简单。包括商毅本人在內，基本也和普通士兵一样，住一般的营帐，吃同样的饭莱，身边顶多就是有一两个勤务兵伺候，而且对普通士兵都和和气气，根本就不像是从二品武将的样子。
这一切在商家军里面，以经是十分平常的事情，但在这些明军看来，像这样军官和士兵们同甘共苦的情况，只是在说书的故事里听过，而在现实中，却是从未见过。其实中国人最大的特点就是不患贫，而患不公。因此在商家军良好的气氛之中，对旧明军的改造还算比较顺利。
在经过了十几天的改造之后，尽管有三百多人因为受不了而退出，但剩下的士兵的精神况态都得到了明显的改观，虽然绝大多数人还达不到成为正式士兵的技能标准，但在训练之余，也可以和辅兵一起做一些辅助性的工作了。同时还有更多的明军也都愿意加入商家军来。因此现在商家军里，像这样明军数量以经达到一千八百多人。对此商毅仍然是和原来一样，来者不拒，但必须受接受商家军的改造训练。并且也正试给他们命名为商家军预备队。
在前一阶段的战斗中，商家军同计阵亡了三百一十七名士兵，商毅见前一阶段对旧明军的改造效果还不错，因此也进行了一次选拔比赛，将一批训练成绩优绣的明军补充进商家军来，正式成为商家军的一员。
为此商毅还正式招开了一个欢迎新兵加入商家军的大会，不仅使这些明军十分激动，而且对其他预备队的士兵来说，也是一个很大的鼓励：商毅说话是算数的，只要认真训练，尊守纪律，达到标准，就可以正式为选拔进入商家军。因此训练也就更加认真刻苦了。
而击败李自成的战斗中，商家军又抓到了不少俘虏，现在俘虏总数以经接近四千多人，对俘虏的管理办法还是和以前一样，用积分等级制度的划分管理，因为有了前一阶段的经验，同时有了前一批俘虏的示范例子，而且又多了许多预备队的人手，来帮忙管理俘虏，因此尽管俘虏的人数几乎增加了一倍，但管理起来也颇为得心应手，不用商毅再多操心了。
不过人数的增加，也使商家军的粮食储备开始吃紧，现在德安府的粮草以经支持不到一个月了,商毅也在考虑，要开口向吴甡要粮草了。
而就在这时吴甡也来到了德安府，名议上是视察军务，但实际上是要说明商毅，转攻张献忠。于是经过了一番客套之后，吴甡也对商毅晓之以理，动之以情，诱之以利，劝说商毅转攻张献忠，并且许若击败张献忠之后，向朝廷保举商毅为总兵。
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